В соответствии с частью 4 ст. 34 Федерального закона от 05.04.2013 № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» (далее «Закон о контрактной системе») в контракт включается обязательное условие об ответственности заказчика и поставщика (подрядчика, исполнителя) за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств, предусмотренных контрактом.
При этом частями 5, 7, 8 ст. 34 Закона о контрактной системе установлено, что заказчик обязан установить в контракте размер пени в случае просрочки исполнения заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, размер пени, определенный в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, в случае просрочки исполнения обязательств по контракту поставщиком (подрядчиком, исполнителем), а также размер штрафа в виде фиксированной суммы, определенной в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, за ненадлежащее исполнение сторонами своих обязательств по контракту. Правила определения размера штрафа, начисляемого в случае ненадлежащего исполнения заказчиком, поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств, предусмотренных контрактом (за исключением просрочки исполнения обязательств заказчиком, поставщиком (подрядчиком, исполнителем), и размера пени, начисляемой за каждый день просрочки исполнения поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательства, предусмотренного контрактом, утверждены Постановлением Правительства РФ от 25.11.2013 № 1063.
В настоящее время складывается практика, когда в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств, заказчик производит оплату по контракту за вычетом соответствующего размера неустойки (штрафа, пени).
Согласно Письму Федеральной Антимонопольной службы от 10.12.2015 № АЦ/70978/15, включение в проект контракта условия о том, что в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, предусмотренного контрактом, заказчик вправе произвести оплату по контракту за вычетом сумм соответствующего размера неустойки (штрафа пени), не противоречит требованиям федерального законодательства, в том числе положениям Закона о контрактной системе. При этом оплата по контракту осуществляется на основании акта приемки товара (выполненных работ, оказанных услуг), в котором указываются: сумма, подлежащая оплате в соответствии с условиями заключенного контракта; размер неустойки (штрафа, пени), подлежащей взысканию; основания применения и порядок расчета неустойки (штрафа, пени); итоговая сумма, подлежащая оплате исполнителю по контракту.